Il y a très très longtemps, Dominaria était habité par des barbares, des elfes, des nains, des viashinos, des gobelins... et des Thrans. Ces êtres humains "civilisés" bâtirent un empire qui incluait huit villes états du style de l'ancienne Grèce, possédant chacune un peu de magie.
Les bâtiments étaient construis dans les airs et des machines de tous types se baladaient dans les rues, tous étaient activés par des “pierres de pouvoir”. Dans la ville de Halcyon ressortaient deux personnages : Glacian, chargé de la production de pierres de pouvoir et principal créateur de nombreux d'artefacts, et Rebbec, sa femme, architecte de Halcyon.
Comme dans toute société "parfaite", ils y avait ceux qui ne peuvaient pas s'adapter, et terminaient relégués dans des puits sales et profonds (comme le Gix rebelle), ou expulsés (comme Yaugzebul).
L'apparition d'une maladie mystérieuse, contractée par Glacian et apparemment causée par les pierres de pouvoir, ouvrit les portes de Halcyon à Yaugzebul et à sa médecine "barbare", consacrée à la dissection des corps et leur reconstruction. Yaugzebul manipula les dirigeants de la ville et le peuple complet à travers la peur jusqu'à ce qu’il contrôla l'empire complet et entama une guerre entre ses nouvelles machines et créations et quelques villes rebelles alliées avec les peuples barbares.
Dyfed, un arpenteur des plans, ouvrit innocemment la porte d’un nouveau plan, Phyrexia, à Yaugzebul. Conscient qu’il avait donné à un monstre un pouvoir considérable, Dyfed emmèna un groupe de réfugiés sur un plan étrange, et les abandonna dans la seule montagne du plan. Seul l’intervention de Glacian et une explosion du portail intermittent, permettant de passer d’un plan à l’autre, permit de fermer la porte entre Phyrexia et Dominaria et d'enfermer sur Phyrexia Yaugzebul, Gix et leurs machinations. Du moins pendant quelques siècles...